blast2go

前言

在转录组的下游分析中,GO和KEGG注释是非常常规的分析,也是基础工作。blast2go这个软件则是一个可视化的工具,可以帮助我们做好这两个分析,不过这也有些可惜,那便是会受制于人,因为这个软件是一个商业软件,所以最好不要过分依赖这种工具,不过这一次分析是初次,而且稍微时间比较紧,所以暂且用一下,如果后续有时间,一定要学习一下如何利用编程,自己完成这些工作。

1. 初识blast2go

软件界面介绍如下:
appearance

2. 使用blast2go

  1. 导入数据:可以在file中点击load file或者打开file,可以自选
  2. 选择数据:可以全选数据或者部分
  3. 选择工作:选择需要进行的分析,点击运行,但是这里一般是有顺序的,如下:
    progress

当逐步分析以后就可以看到一些结果,注意保存数据文件,在结果编辑栏中可以找到导出数据。

3. 分析结果示例

  1. GO结果
    go1
    go2
    go3
    go4

  2. KEGG结果
    kegg1
    kegg2

  3. 导出数据
    data

4. 总结

经过一次使用,blast2go的总体使用体验还是很不错的,确实很方便、很直观,但是确实也有一些限制,自主性不是很高,如果是为了方便快捷得到一个基本结论,那么可以选择使用这个软件,虽然在mapping分析的时候稍微比较慢,但是如果想选择更高的自主性,那么还是建议使用编程,自己分析。