1. 前言
质量控制是在测序信息的分析开始之前的尤为重要的一步，因为后期的分析都是建立在这些数据的基础上的，所以前期数据的好坏直接影响了后期分析结果的质量高低、优良，因此做好质量控制非常重要。在二代测序中，测出来的片段都不长，而且还有一些PCR使用的接头也在其中，这些都会影响到后面的分析，因此我们要做的就是先把接头去掉，然后再筛选掉比较短的序列，比如使用Trinity进行拼接时，kmer的长度最小为50bp，小于这个阈值就无法拼接，因此在这个基础上，我们可以开始做质量控制了。
二代测序数据的特点：大量的短序列（150-250bp）、双末端测序、末端质量较低。因此，在利用我们的测序数据进行分析之前，首先需要过滤掉低质量的碱基与序列，以确保分析结果的准确性。