这部分内容还是第一次转录组的实操练习，之前已经完成了序列的拼接、去冗余，并且已经做了层次聚类，统计了每个transcript的raw counts，现在进入了差异基因分析的步骤。因为不管采用什么软件，本质的方法是一致的，因此也具有一定的通用性，或者可以迁移到其他基因分析的项目中，因此要用心学习。
前言
这里采用的是R中的edgeR包来进行分析，因此需要先做环境准备，现在开始。
1. 环境准备
- 安装R，可以到官网download
- 安装相应包，如下
if (!requireNamespace(“BiocManager”, quietly = TRUE))
install.packages(“BiocManager”)
if (!requireNamespace(“edgeR”, quietly = TRUE))
BiocManager::install(“edgeR”)
if (!requireNamespace(“airway”, quietly = TRUE))
BiocManager::install(“airway”)