这是一篇关于使用Trinity进行无参转录组分析的文章，首先会简单介绍转录组学，接着会介绍Trinity软件的使用，最后会记录相关的下游分析
一、转录组学
概述：
- 转录组广义上指在某一生理条件下，细胞内所有转录组产物的集合，包括：mRNA、ncRNA、rRNA等；狭义上指所有mRNA的集合。
- 转录组测序的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和，主要包括mRNA和ncRNA。
- 转录组具有时间特异性、组织特异性、空间特异性等特点。
| 类型 | 特点 | 分析策略 |
|---|---|---|
| 有参转录组 | 需要所研究的物种有组装注释质量较好基因组序列， 一般来说比对效率达到70%以上才能满足后续分析。 |
比对—定量—差异分析—功能富集分析（下游分析） |
| 无参转录组 | 缺乏相应的质量较高的基因信息，需要从零开始组装分析 | 组装—定量—差异分析—功能富集分析（下游分析） |
下游分析包括：GO基因功能注释、KEGG通路分析、mRNA表达量计算、差异基因筛选、功能和通路富集分析、时间序列分析、共表达网络分析等